بر اساس آنچه در بیشتر کتاب‌های انساب و تاریخ امامان معصوم(ع) آمده است، امام هادی(ع) دارای این فرزندان بودند: امام حسن عسکری(ع)، حسین، محمد، جعفر و دختری به نام عالیه.[1]

جناب سید محمد یکی از فرزندان امام هادی(ع) است که کنیه‌ی ایشان ابوجعفر می‌باشد. وی در میان فرزندان امام هادی(ع) از چنان جایگاهی برخوردار بود که گمان می‌رفت، امام یازدهم باشد.[2] شیعیان زیادی بودند که به محضر امام هادی(ع) شرفیاب می‌شدند و گمان می‌کردند که جناب ابوجعفر امام بعدی است. علی بن عمرو نوفلی می‌گوید: خدمت امام هادی بودم که فرزندشان ابوجعفر آمد، از ایشان پرسیدم: فدایتان شوم آیا ایشان بعد از شما صاحب(امام) ماست؟ حضرت فرمودند: نه، فرزندم حسن امام بعد من است.[3]

یکی دیگر از اصحاب امام هادی(ع) که از سامراء دور بود، می‌گوید: (چون گمان می‌کردیم ابوجعفر امام بعدی است) وقتی ابوجعفر وفات کرد مضطرب شده و نامه‌ای به امام هادی(ع) نوشته و قصد داشتم دربارۀ امام بعد از ایشان بپرسم، ولی(به خاطر احساس وجوب تقیّه در این مورد) ترسیدم و سؤال نکردم و از امام درخواست دعا کردم. امام(ع) در پایان جواب نامه نوشتند: تو می‌خواستی از جانشین من بعد از وفات ابوجعفر بپرسی، غمگین نباش خداوند هیچ قومی را بعد از هدایتشان گمراه نمی‌کند، امام بعد از من، ابو محمد(امام حسن عسکری) است.[4]

در برخی از منابع چنین آمده است که جناب سید محمد قصد جهاد داشت و به سمت حجاز در حرکت بود که در منطقه‌ای در عراق به نام «بلد» وفات کرد. قبر ایشان مزاری شد که مورد احترام شیعیان و اهل سنت قرار گرفت.[5]

مشهور آن است که نسل امام هادی(ع) از دو فرزند ایشان؛ یعنی امام حسن عسکری(ع) و پسر دیگرشان، جعفر؛ معروف به جعفر کذّاب است و برای جناب سید محمد فرزندی ذکر نشده است.[6] اما شیخ عباس قمی(ره) از قول برخی چنین می‌گوید:

از اولاد سیّد محمّد، شمس الدّین محمّد بن علىّ بن محمّد بن حسین بن محمّد بن علىّ بن محمّد بن امام هادی (ع) است که مشهور به میر سلطان بخارى می‌باشد. (یعنی جناب سید محمد فرزندی داشته به نام علی).

میر سلطان بخاری در بخارا بوده و پس از بخارا به بلاد روم رفته و در شهر بروسا ساکن شد و همان‌جا هم در سال 832 یا 833 فوت نمود. و (گویا) قبرش در آن‌جا مشهور است، می‌گویند فرزندان جناب سید محمد و ادامه‌ی نسل ایشان، از همین شمس الدین بخارایی است.[7]