با توجه به این که بعد از شهادت حضرت زهرا (س) حضرت علی (ع) همسران دیگری اختیار کرده‌اند و از آنان نیز صاحب فرزند شده‌اند، شیخ مفید در کتاب ارشاد تعداد فرزندان آن حضرت را 27 تن (دختر و پسر) دانسته و گفته است: عده‌‏ای از علمای شیعه گویند که فاطمه پس از وفات پیامبر (ص) جنینی که پیامبر او را محسن نامیده بود سقط کرد. بنابر قول این عده، فرزندان آن حضرت 28 تن بوده‌‏اند .
مسعودی در مروج الذهب، شمار فرزندان امام علی (ع) را به 25 تن رسانده است.
فرزندان ایشان بنابر آنچه که ابن سعد در طبقات [1] و بلاذری در انساب الاشراف [2] آورده است عبارتند از :

1 ـ فرزندانی که مادرشان حضرت فاطمه (س) دختر رسول خدا (ص) است که شامل امام حسن (ع) و امام حسین (ع) و محسن و زینب کبرا و ام کلثوم کبرا است. محسن در جریان حمله به خانه حضرت زهرا (س) سقط شد.

ابن اثیر می‌گوید: محسن در کودکی وفات یافته است.
زینب به عقد عبدالله بن جعفر بن ابی‌‏طالب درآمد و ام کلثوم زوجه عمر بن خطاب شد . [3]

2ـ محمد بن علی معروف به محمد بن حنفیه که مادرش خوله دختر جعفر بن قیس بن مسلمه بوده است .

3ـ فرزندانی که مادرشان لیلی دختر مسعود بوده است که یکی عبید الله بن علی است که توسط مختار (فرزند ابو عبید) در منطقه‌ای در ناحیه دشت میشان خوزستان به نام مذار کشته شد . و ابو بکر بن علی که در کربلا به شهادت رسید. این دو اولادی نداشتند .

4ـ فرزندانی که مادرشان ام البنین بوده است ،   که عباس و عثمان و جعفر و عبد الله (چهار برادر ) بودند و در کربلا شهید شدند. (از عباس(ع) دو فرزند به نام های عبیدالله و فضل متولد شد که نسل حضرت عباس از عبید الله باقی ‏ماند ( .

5ـ فرزندی که مادرش کنیز بوده است و محمد اصغر نام داشت و در کربلا به شهادت رسید.

6ـ فرزندانی که مادرشان اسماء بنت عمیس است. که یحیی و عون نام دارند.

7ـ فرزندانی که مادرشان صهباء بوده است که عمر اکبر و رقیه نام دارند. (یک برادر و یک خواهر)

8ـ فرزندی که مادرش امامه دختر ابوالعاص است. (مادر امامه زینب دختر رسول خدا است) و محمد اوسط نام دارد.

9ـ فرزندانی که مادرشان ام سعید دختر عروة بن مسعود است و ام الحسین و رملة کبری نام دارند. (دو خواهر)

10 ـ دختری به نام ام یعلی که مادرش محیاة دختر امرء القیس [4] بوده است، که در خردسالی از دنیا رفت.

11ـ فرزندان (دختران) امام علی (ع) که از کنیزان آن حضرت متولد شدند و عبارتند از: ام‏هانی و میمونه و زینب صغری و رملة صغری و ام کلثوم صغری و فاطمه و امامه و خدیجه و ام الکرام و ام اسلم و ام جعفر و جمانه و نفیسه.

سید محسن امین در باره همسران علی (ع) آورده است: نخستین همسر آن حضرت، فاطمه زهرا (ع) دخت گرامی پیامبر خدا بوده است. علی (ع) تا زمانی که فاطمه در قید حیات به سر می‏برد همسر  دیگری اختیار نکردند. پس از شهادت حضرت فاطمه(س)، آن حضرت با امامه دختر ابو العاص بن ربیع بن عبد العزی بن عبد شمس که فرزند زینب دختر پیغمبر بود ازدواج کرد. ام البنین دختر حزام بن دارم کلابیه، زن دیگری بود که علی (ع) او را به عقد خود درآورد. پس از ام البنین، آن حضرت با لیلی دختر مسعود بن خالد النهشلیة تمیمه دارمیه ازدواج کرد و پس از وی با اسماء بنت عمیس خثعمی پیمان زناشویی بست. اسماء تا قبل از شهادت جعفر بن ابی طالب، همسر وی بود و پس از شهادت جعفر، ابوبکر او را به ازدواج خود درآورد و چون ابوبکر از دنیا رفت، علی ) ع) او را به همسری خویش گرفت. یکی دیگر از همسران امیر المؤمنین (ع) ام حبیب دختر ربیعه تغلبیه موسوم به صهبا بوده است. این زن از قبیله «سبی» بود که خالد بن ولید در عین التمر بر آنها حمله برده و ایشان را به اسیری گرفته بود. خوله دختر جعفر بن قیس بن مسلمه حنفی و یا به قولی دیگر خولة دختر ایاس از دیگر زنان آن حضرت بوده است. هم چنین علی (ع) با ام سعد یا ام سعید دختر عروة بن مسعود ثقفی و نیز مخبأة دختر امری القیس بن عدی کلبی پیمان زناشویی بست. [5]